提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
三亚警方:6人因照相生意争抢客源引发肢体冲突,被行拘15日******
中新网1月10日电据海南三亚市公安局官方微博消息,三亚市公安局天涯分局10日发布警情通报称,2023年1月6日16时,天涯分局接到报警,在天涯区海月广场沙滩有人打架,民警立即赶到现场处置,并依法将参与斗殴的6名涉案人员传唤回派出所接受调查。
经查,刘某录(男,51岁)、刘某华(男,46岁)、刘某(男,47岁)与赵某华(男,53岁)、李某东(男,52岁)、赵某国(男,49岁)因照相生意争抢客源发生口角,继而引发肢体冲突。
目前,天涯分局依法对刘某录等6人分别处以行政拘留15日并处罚款500元。
警方提示,市民群众应树立法治意识,在处理纠纷过程中应理性平和,严格遵守法律法规,公安机关对违法犯罪行为将坚决予以打击。希望广大网民不造谣、不信谣、不传谣,共同维护良好的网络环境。
海南三亚市公安局官方微博截图